加盟商以交纳保证金的方式，保证其严格按照《特许经营合同》的规定履行加盟商的义务，这些义务包括：向特许人按时交纳特许权使用费及其他费用，按照《特许经营操作手册》开展经营活动，不向第三者披露商业秘密，不得经营特许人许可之外的商品，在合同终止时向特许人交还《特许经营操作手册》及有关代表特许经营体系的标志、物品等，消除加盟店的特许标志，等等。

代理不用付加盟费或较少市场保证金，而品牌加盟则一定要付一定额的加盟费和品牌保证金。代理商和加盟商虽然同为合作伙伴，但在性质上有很大的区别。代理商可以享受到区域性的产品保护，价格优势，属于厂家在当地的代言，厂家对其有一个基本销量的要求，厂家会有广告、技术、设备方面的去持，而加盟商仅是终端品牌运营商的一种，是以销售或服务点来体现的，产品价格方面没有优势，不过销售任务一般不会很重，多一品牌、服务或技术型行业为主。